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用OpenWetWare等开放资源解决基本实验的protocol问题

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发表于 2018-9-3 03:11:41 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 CCiCer 于 2018-9-3 03:16 编辑

最近和一个国内老牌iGEM团队交流实验进度,谈及该团队有一项非常基本的分子克隆实验做不好。

交流发现一个问题,就是他们在分子克隆方面所使用的protocol完全来自上一届的学长学姐,而非著名的分子克隆实验指南。这其中有一些小众做法不知起源,也并不方便,造成实验上不小的困扰。当然,初学者实验上出问题,protocol往往还是次要原因,操作和习惯往往是失败的根源,但是传承上做不好的老牌队伍尚且不知道protocol如何查找,一些缺乏指导资源的新队伍可想而知。

对于有这种需要的团队,推荐几个常用的网络资源:

1、OpenWetWare

OpenWetWare大部分团队都非常熟悉了,很多人都上OWW上逛过,参考过一些试剂配方和protocol。

OWW的历史和内容介绍我就直接摘录wiki百科:
“OpenWetWare是一个wiki,其任务是“支持生物科学和工程领域的开放式研究、教育、出版和讨论。”OpenWetWare由MIT的研究生于2005年4月20日创建。最初,它是麻省理工学院Drew Endy和Tom Knight实验室的私人实验室wiki。该网站于2005年6月22日开放,允许任何实验室加入。截至2007年4月6日,该网站拥有来自40多个机构的100个研究实验室,包括波士顿大学,布朗大学,加州理工学院,剑桥研究所,CNRS,杜克大学 大学等等。除了实验室之外,许多研究社群或机构都参考该网站内容为技术基础,包括合成生物学,Mimulus和BioBricks基金会。 其中一类社群是iGEM。”


地址:https://openwetware.org/wiki/Main_Page


对于初次参赛或缺乏指导资源的团队,OpenWetWare可以成为一个重要的实验试剂配方和流程的参考来源。


2、j5 DNA Assembly


对于新手来说,DNA Assembly 总是一个必须要过的门槛。DNA Assembly对于老手而言甚至都算不上一项需要顾虑的实验,就像配一瓶LB一样简单和稳定,能达到100%的成功率,但是对于初学者颇有点儿玄学的感觉。很多新上手的同学反映DNA Assembly失败耽误了很多时间,有的连最简单最基础的3A都做不出来,对Gibson、Golden Gate等高效方法甚至望而却步。
2012年,Jay D. Keasling等人发表了j5 DNA Assembly Design Automation Software,这是一个很好用的工具,同时包含了一些可靠的DNA Assembly protocol可供参考。这些Protocols包括:SLIC/Gibson/CPEC/One Part CPEC/SLiCE/Golden Gate/5' phosphorylation of annealed DNA oligos


地址:https://j5.jbei.org/j5manual/index.html


3、各大公司的免费在线工具


许多大公司的网站都提供一些值得参考的protocol和在线小工具,为免广告嫌疑,我就不说都有哪些公司了。但是对于初学者,平时可以留心一下这些资源。


最后,还是建议大家确保实验室有一套分子实验圣经《分子克隆实验指南》的最新版本。


欢迎大家在本帖子补充更多好用可靠的分子克隆技术资源。




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